Σύμφωνα με το παραπεμπτικό βούλευμα και τον εισαγγελέα Ισίδωρο Ντογιάκο, η δολοφονία του Παύλου Φύσσα ήταν "οργανωμένη", καθώς υπήρχε κεντρική εντολή να "τον φάνε όπου τον βρουν". Σε αυτή την στοχοποίηση του παιδιού του αναμένεται να αναφερθεί ο Παναγιώτης Φύσσας μιλώντας στους δικαστές και για τις δραματικές ώρες που έζησε και ζει η οικογένεια του.
Αν και ο Γιώργος Ρουπακιάς δεν απουσίασε από καμία συνεδρίαση του δικαστηρίου, οι περισσότεροι από τους κατηγορούμενους για "διεύθυνση" της εγκληματικής οργάνωσης επέλεξαν να μην καθίσουν στο εδώλιο. Μεταξύ αυτών και ο αρχηγός της Χρυσής Αυγής και βασικός κατηγορούμενος Νίκος Μιχαλολιάκος, ο οποίος μάλιστα λίγες ημέρες πριν τις εκλογές ανέλαβε "την πολιτική ευθύνη για τη δολοφονία στο Κερατσίνι".
Κατηγορούμενοι για απλή συνέργεια στην δολοφονία είναι οι: Ιωάννης Άγγος, Αναστάσιος -Μάριος Αναδιώτης, Γεώργιος Δήμου, Ελπιδοφόρος Καλαρίτης, Ιωάννης Βασίλειος Κομιανός, Κωνσταντίνος Κορκοβίλης, Αναστάσιος Μιχάλαρος, Γεώργιος Πατέλης (γραμματέας της ΤΟ Νίκαιας, πυρηνάρχης της οργάνωσης), Σταύρος Σαντοριναίος, Γεώργιος Σκάλκος, Γέωργιος Σταμπέλος, Γεώργιος -Χρήστος Τσακανίκας, Λέων Τσαλίκης, Αθανάσιος και Νικόλαος Τσόρβας και Αριστοτέλης Χρυσαφίτης.
Πάντως, η κατάθεση του Παναγιώτη Φύσσα θα γίνει υπό το βάρος της απόφασης του δικαστηρίου η οποία δεν επιτρέπει στους συνηγόρους της πολιτικής αγωγής να παρίστανται κατά της ηγεσίας του κόμματος αλλά και όσων εκ των κατηγορουμένων δικάζονται μόνο για την κατηγορία της εγκληματικής οργάνωσης.
Στην πράξη η εν λόγω απόφαση στερεί από τα θύματα επιθέσεων το δικαίωμα να διεκδικήσουν αστική αποζημίωση από όλους τους κατηγορουμένους ενώ ουσιαστικά απαγορεύει στην Πολιτική Αγωγή να εξετάσει τα μέλη της ηγετικής ομάδας τόσο για την δολοφονία Φύσσα όσο και για τις επιθέσεις κατά του ΠΑΜΕ και των Αιγυπτίων ψαράδων.